Korisnik bespovratnih sredstava može početi sa investicijama i aktivnostima, predviđenim Projektom, nakon potpisivanja Ugovora i nakon što sredstva u punom iznosu od vrednosti prihvatljivih troškova budu uplaćena na namenski račun kod poslovne banke sa kojom korisnik bespovratnih sredstava ima potpisan ugovor o korišćenju kredita
Korisnik bespovratnih sredstava podnosi jedan ili više zahteva za isplatu bespovratnih sredstava u skladu sa dinamikom predviđenom u Ugovoru. U zavisnosti od projekta, Ugovorom može biti predviđena jedna ili više faznih isplata tokom sprovođenja Projekta.
Ukoliko je zahtev za isplatu kompletan i ispunjava uslove propisane Ugovorom, Uprava ga stavlja na listu zahteva za plaćanje koju prosleđuje u Centralnu fiducijarnu jedinicu u okviru ministarstva nadležnog za finansije, koja izdaje odobrenje za isplatu poslovnoj banci kod koje je otvoren namenski račun. Na osnovu tog odobrenja za isplatu, poslovna banka prebacuje iznos iz zahteva za isplatu na račun dobavljača.